(一)標準考馬斯亮藍染色法
(1)電泳后，將凝膠轉入一潔凈的玻璃或塑料容器中。加入5倍于凝膠體積的0.25%考馬斯亮藍R-250(溶解于50%甲醇和10%乙酸中)；
(2)室溫下振搖溫育4h至過夜；
(3)去除染色液，收集保存可重復使用20-40次：
(4)依次在25%甲醇和7.5%乙酸中室溫振搖下脫色。靈敏度為0.1-0.5ug蛋白/每條帶。注：使用加熱的染色液或脫色液可以縮短染色或脫色時間。將染色液或脫色液在微波爐或水浴中加熱，(大約50-60℃)，染色時間可縮短至20min,脫色時間約 1-2h。
(二)快速考馬斯亮藍染色法
(1)電泳后，將凝膠轉入一潔凈的玻璃或塑料容器中。加入5倍于凝膠體積的0.25%考馬斯亮藍R-250(溶解于50%三氯yi酸中)；
(2)室溫下振搖溫育20min；
(3)去除染色液，收集保存可重復使用多次；
(4)加入數倍體積的脫色液(25%甲醇、7%乙酸)室溫振搖下脫色。必要時可更換脫色液。靈敏度為1.0ug蛋白/每條帶。
(三)凝膠銨銀染色法
(1)電泳后，將凝膠轉入一潔凈的玻璃或塑料容器中。加入5倍于凝膠體積的50%乙醇和10%乙酸，振搖30min至過夜；
(2)去除50%乙醇和10%乙酸，用去離子水清洗凝膠。加入20%乙醇, 室溫振搖30min；
(3)去除20%乙醇，再加5倍體積的20%乙醇，室溫振搖30min；
(4)去除20%乙醇，將凝膠轉入通風柜內，加入5倍體積的用去離子水配制的5%戊/二醛，室溫振搖30min；
(5)去除戊/二醛，用去離子水清洗凝膠。加入5倍體積的20%乙醇，室溫振搖20min；
(6)去除20%乙醇，重復⑥兩次；
(7)去除20%乙醇，用去離子水清洗凝膠。再加入5倍體積的用去離子水，室溫溫育10min；
(8)去除去離子水，加入4倍體積新鮮配制的氨-水yin溶液，室溫振搖30min。配制100ml：加1.4ml 14.8mol/L氫氧化銨到100ml水中，再加入190ul 10mol/L氫氧/化鈉；放置渦旋器上緩緩加入1ml新鮮配制的硝/酸銀溶液(0.8g硝/酸銀/ml水)，直至出現沉淀物，但很快溶解；
(9)去除氨-水yin溶液，用去離子水清洗凝膠20min以上，其間更換水數次；
(10)去除水，加入5倍體積新鮮配制的0.005%檸檬酸，0.019%的甲醛。輕柔混勻，數分鐘內條帶即顯現出。當背景開始變化時，去除顯影劑，用用去離子水清洗凝膠。在10%乙酸和20%乙醇中溫育凝膠，以終止反應。靈敏度為1－10ng蛋白/每條帶。
注：操作時，應戴手套并使用潔凈的玻璃器皿，以免污染，影響反應的靈敏度。
(四)凝膠中性銀染色法
(1)電泳后，將凝膠轉入一潔凈的玻璃或塑料容器中。加入5倍于凝膠體積的30%乙醇和10%乙酸，振搖30min至過夜；
(2)去除乙醇/乙酸溶液，加入5倍體積的30%乙醇, 室溫振搖30min；
(3)去除乙醇，再加5倍體積的30%乙醇，室溫振搖30min；
(4)去除乙醇，加入10倍體積的去離子水，室溫振搖10min；重復用去離子水清洗兩次；
(5)去除去離子水，加入4倍體積新鮮配制的0.1%硝/酸銀溶液(用室溫下貯存于棕色瓶內的20%原液稀釋而得)，室溫振搖30min；
(6)去除硝/酸銀溶液，用去離子水清洗凝膠20s；
(7)去除水，加入5倍體積的2.5%碳酸鈉和 0.02%的甲醛(pH<4.0),室溫振搖溫育，數分鐘內條帶即顯現出。當背景開始變黑時，停止溫育；
(8)在1%乙酸內清洗，停止反映。用去離子水清洗，更換數次，每次10min；靈敏度為1－10ng蛋白/每條帶。
(五)凝膠銅染色法凝膠銅染色法為考馬斯亮藍或銀染色法的替代染色方法
將凝膠氯/化銅溶液中溫育，在Tris和SDS同時存在時可形成明顯的白色不透明的沉淀物。蛋白條仍然清晰，留下一個多肽分離模式的附染圖象。由于蛋白質未結合在凝膠上，可通過EDTA去除Cu離子而得以洗脫，因而該方法特別適合需快速定位蛋白條帶用于免疫反應，或進一步進行蛋白質化學研究。其染色模式如同考馬斯亮藍或銀染色法的凝膠，易進行拍照。
(1)電泳后，凝膠用蒸餾水短時清洗數次，每次30s,勿洗過長時間；
(2)將凝膠轉入一潔凈的玻璃或塑料容器中。加入5倍于凝膠體積的0.3mol/L CuCl2；
(3)室溫振搖５min，較厚的凝膠可適當延長時間。當CuCl2 進入凝膠時，在不含蛋白的區域會出現白色沉淀；
(4)用蒸餾水清洗數分鐘，在黑色背景下觀察結果。靈敏度為10-100ng蛋白/每條帶(0.5mm厚的凝膠)或1ug蛋白/每條帶(1mm厚的凝膠)。注：將凝膠在0.25mol/L EDTA、0.25mol/L Tris溶液中溫育可使銅染逆轉
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