大多數動物組織可以用裂解緩沖液和蛋白酶/蛋白酶 K 進行高效裂解。在加入裂解液之前需要將組織切成小塊，有條件的話建議使用 TissueLyser 或研缽等提前進行均質化。骨骼肌，心臟，皮膚等組織含有收縮蛋白，結締組織和膠原蛋白，所以利用蛋白酶 / 蛋白酶 K 進行充分消化是必須的。
FFPE 樣本進行 DNA 純化時需要預裂解。福爾馬林可由 PBS 洗滌除去，石蠟可由二甲苯和乙醇進行去除。在蛋白酶消化后提高孵育的溫度有助于逆轉交聯，以便更好的從 FFPE 組織中釋放 DNA，從而有助于提高 DNA 產量和改善下游檢測性能。 從 FFPE 中得到的 DNA 通常比從新鮮或凍存樣本中得到的 DNA 分子量小；DNA 降解的程度則取決于樣本類型，儲存時間和固定的條件。
從微量樣本中純化 DNA
微量樣本中 DNA 的含量很低，通常小于 5 ng DNA, 通常需要使用 carrier RNA 來提高產量（不會影響下游分析檢測）。如果需要使用 carrier RNA，那么在測量 OD 的時候會因為使用 carrier RNA 造成濃度測量有偏差（因為 RNA 在 260 nm 也有吸收）。
推薦使用 QIAamp DNA Micro Kit 從微量樣本中進行 DNA 純化，該試劑盒采用 MinElute 硅膠膜柱，洗脫體積可以低至 20 μl，同時通過兩步洗滌去除 PCR 抑制劑等污染物，最/大程度從微量樣本中純化 DNA。
從血液樣本中純化 DNA
血液樣本可以是新鮮或凍存全血或干血片，由于血液樣本在采集后會迅速凝固，所以通常在采血時使用 EDTA，檸檬酸鹽或肝素進行抗凝。經過抗凝處理的血液樣本可以直接用于 DNA 純化，需要注意的是使用的 DNA 純化方法需要能夠去除上述抗凝劑，以免干擾下游 PCR 檢測。全血也可以在 DNA 純化前先進行白細胞富集等再進行 DNA 純化。
從血液中純化 DNA 的產量很大程度上取決于血液中的白細胞數量，而白細胞數量則和血液的供體情況有很大關聯（如貧血或感染都會造成白細胞數量變化）。上述情況必須在進行 DNA 純化前就應該考慮到。此外，有些動物有有核血，這意味著這類樣本中含有更多的 DNA，在從此類血樣中純化 DNA，上樣量需要減少 10 倍左右。
從細胞中純化 DNA
哺乳動物細胞可以使用蛋白酶 K 進行裂解
酵母細胞需要首先使用溶/菌酶對細胞壁進行處理，然后使用蛋白酶或蛋白酶 K 進行消化
許多細菌細胞可以使用裂解 buffer 和蛋白酶 / 蛋白酶 K 進行裂解，某些細菌如革蘭氏陽性菌需要預先使用溶菌/酶對細胞壁進行處理
細菌細胞需要先從生物體液中沉淀，然后從中純化細菌 DNA，拭子樣本需要先使用殺菌劑進行預處理然后再離心
使用機械裂解會比用酶消化的效果要好，尤其是針對革蘭氏陽性菌或真菌而言
