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巨噬細胞是先天免疫系統的一種特殊的、長壽命的吞噬細胞。巨噬細胞是三種吞噬細胞類型之一，還有粒細胞（中性粒細胞、嗜酸性粒細胞和嗜堿性粒細胞）和樹突狀細胞（DCs）。

大多數病原體通過呼吸道、腸粘膜、皮膚病變或泌尿生殖道進入宿，NOI個遇到的就是在粘膜下組織中的巨噬細胞，它們通常是NOI個遇到病原體的防御細胞。一旦微生物進入宿主并開始復制，它就被其中一種吞噬細胞所識別，并被吞噬形成吞噬溶酶體，然后再經過酸化和酶處理，產生高活性一氧化氮和超氧自由基來殺死病原體，這一過程稱為吞噬作用。

一般來說，巨噬細胞可根據其功能和活化程度分為兩個亞型：經典激活的M1巨噬細胞和交替激活的M2巨噬細胞。

M1巨噬細胞主要通過先天性和適應性免疫反應在Th1細胞募集、病原體抵抗和腫瘤控制中發揮作用，在免疫失調疾病例如系統性紅斑性狼瘡，多發性硬化癥，類風濕關節炎等會有高量的M1巨噬細胞存在。

交替激活的M2巨噬細胞在病原體寄生蟲清除、抗炎反應和代謝、傷口愈合、組織重塑、免疫調節、腫瘤進展和惡性腫瘤中發揮作用，與M2細胞典型相關疾病就是過敏和哮喘。