與任何其他采樣一樣，采集前應對所采集對象作必要的調查，選出采樣區和對照采樣區，在采樣區內再劃出和固定一些有代表性和生長典型的小區。根據采樣的次數及每次采樣的數量決定預選株數或樣段的數目。
一、采樣的一般原則
?。?）代表性：選擇能代表總體的一定數量的植株為樣品，采集作物或蔬菜時不能采集田埂、地邊及離田埂2m以內的樣品；若采集水生植物則應注意離開污染物排放口適當距離。
（2）典型性：采樣部位要能反映所需了解的情況，不能將植株部位隨意混合。
?。?）適時性：根據研究的需要，在植物不同的生長發育階段，定期采樣。
二、樣品采集量
植物樣品的特點是含水量特別高，其莖葉部分可高達80％～90％，枝干部分也在20％以上，因而樣品的采集量需考慮到樣品部位及后續檢測是否夠用。一般要求至少有1kg的干重樣品，因而，新鮮植物樣本的采集量應不少于5kg。
三、樣品的采集方法
根據研究對象，在選好的樣區內分別采集不同植株的根、莖、葉、果等植物的不同部位。對一般的大田作物、蔬菜等的采集，則一般在各選好的采樣區內采集一個代表樣品（在該地塊內分別于5～10處采集5～10個樣品混合而成），常采用梅花形、小五點法或交叉間隔方式取樣。
對各種不同植物的采集方法通常有如下幾種。
?。?）木本植物的采集：木本植物一般指喬木、灌木或木質藤本植物。根據需要檢測的項目確定采集的部位。如果是確認該植物的組成選擇，應選擇生長正常、無病蟲害的植株作為采集對象，如果是檢測蟲害或其他污染造成的影響情況，就應選擇受病蟲害影響的枝條了，有時候還需采集部分的樹皮。采集果樹樣品時還要注意樹齡、株型、生長勢、載果數及果實生長部位和方位。
?。?）草本植物的采集：高大的草本植物采集法一般與木本植物相同。其他草本植物通常都是整株采集。除了采集它的葉、花、果各部分外，必要的時候必須采集它的地下部分，如根莖、匍匐枝、塊莖和根系等。若采集的是根部，在抖掉附于根上的泥土時要注意不損失其根毛部位，盡量保持根系的完整。
草本的特點是水分含量特別高，也特別容易失水，為保證完成后續檢測需適當多采集一些，并適當給以保濕處理，如蔬菜樣品中的葉菜若需直接對鮮樣進行檢測，則在采集時（尤其是夏天）zui hao將植株連根帶泥一起挖，或用塑料袋或濕布包好樣品不使其萎蔫。
?。?）水生植物和蔬菜類樣本的采集：其采集與草本相似，對浮萍、藻類等一般也是全株采集。若采集點污染較重，在除去其他水草、小螺等后，用清水沖洗干凈。水稻的根系需在現場立即洗凈泥土，帶回實驗室后立即用清水洗4次（不準浸泡，不超過半小時），洗凈后用布擦干。
所有采集到的植物樣品都需用布口袋裝好，附上相關信息標簽，同時做好采樣記錄，對特殊情況更需詳細記錄備查。采樣后，需用鮮樣直接檢測的應馬上送實驗室進行處理和分析，當天處理不完的應暫時冷藏在冰箱里。其他樣品應立即放在干燥通風處晾干。
